結局市販ソフトの体験版を使うことで解決。

フリーソフトやVAIO付属のアプリなどｔｐ悪戦苦闘したあげく、
結局、市販ソフト「TMPGEnc 3.0 XPress」の体験版を使って
http://www.pegasys-inc.com/ja/product/te3xp.html
終わらせました。これだと一気に切り出し＆変換終了。
結局今日はこれだけで8時間潰してしまいました。
　
　出来たファイルは、昨年の「不思議博物館」絡みです。
詳しくはmixiとかで調べてみて下さい。